Berdasarkan PERATURAN WALI KOTA CIREBON NOMOR 1 TAHUN 2026 TENTANG KEDUDUKAN, STRUKTUR ORGANISASI, TUGAS DAN FUNGSI, SERTA TATA KERJA PERANGKAT DAERAH FUNGSI PENUNJANG URUSAN PEMERINTAHAN. Sebelumnya Perwal Kota Cirebon Nomor 102 Tahun 2021 tentang Perubahan atas Peraturan Wali Kota Cirebon Nomor 35 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Struktur Organisasi, Tugas dan Fungsi, serta Tata Kerja
Badan Perencanaan Pembangunan, Riset dan Inovasi Daerah Kota Cirebon, memiliki Struktur Organisasi sebagai berikut:

Susunan Organisasi Badan Perencanaan Pembangunan, Riset dan Inovasi Daerah terdiri atas:
1. Kepala Badan;
2. Sekretariat, yang membawahkan:
a. Subbagian Umum dan Kepegawaian; dan
b. Subbagian Program dan Pelaporan;
3. Bidang Perencanaan, Pengendalian dan Evaluasi Pembangunan Daerah;
4. Bidang Perencanaan Pemerintahan dan Pembangunan Manusia;
5. Bidang Perencanaan Perekonomian dan Sumber Daya Alam;
6. Bidang Perencanaan Infrastruktur dan Kewilayahan;
7. Bidang Riset dan Inovasi Daerah;
8. Unit Pelaksana Teknis (UPT); dan
9. Kelompok Jabatan Fungsional dan Jabatan Pelaksana.